Biskup z Areciba uznal právo na výhradu vo svedomí v súvislosti s očkovaním proti Covid-19 a oznámil, že klerici budú môcť podpísať výnimku tým, ktorí o ňu požiadajú. Biskup Daniel Fernández Torres 17. augusta uviedol, že "veriaci katolíci môžu mať výhrady vo svedomí voči predpokladanej povahe vakcíny proti Covidu-19".
"Ak si v našej diecéze Arecibo legitímne vyžiada katolícky farník podpis výnimky od ustanoveného služobníka ako potvrdenie svojej výhrady vo svedomí, kňaz alebo stály diakon mu ju dobrovoľne vydá, alebo ho odkáže na naše diecézne centrum v Arecibo", povedal biskup Fernández.
Guvernér Puerto Rica, Pedro Pierluisi, vydal služobný príkaz, že zaočkovať sa musia všetci vládni a zdravotnícki pracovníci vo verejných aj súkromných inštitúciach, ako aj pracovníci v hotelových službách. Povinnosť očkovať sa neskôr rozšíril aj na pracovníkov reštauračných a zábavných zariadení. Do Puerto Rica, ktoré patrí k USA, sa distribuujú vakcíny Pfizer BioNTech, Moderna a Johnson & Johnson. Vláda Puerto Rica vydala formuláre "výnimky z lekárskych alebo náboženských dôvodov", ktorú si môžu uplatniť študenti a pracovníci verejných alebo súkromných inštitúcií. Biskup vo svojom vyhlásení ďalej uviedol, že "pre veriaceho katolíka je legitímne mať pochybnosti o bezpečnosti a účinnosti vakcíny; to čo povie farmaceutická spoločnosť alebo agentúra kontroly liečiv nie je v žiadnom prípade dogmou viery. A práve bezpečnosť a účinnosť sú dôležité a nevyhnutné údaje pre morálny úsudok". Biskup Fernández sa odvolal na vyhlásenie Kongregácie pre náuku viery z decembra 2020 o vakcínach proti covidu-19, že "vzhľadom k tomu, že vakcinácia nie je zákonnou, ani morálnou povinnosťou, musí byť dobrovoľná". Vo vyhlásení sa ďalej spomína, že morálnosť vakcinácie závisí od povinnosti dbať o všeobecné dobro a od povinnosti chrániť si vlastné zdravie; a že "pri absencii iných prostriedkov na zastavenie alebo na ochranu pred epidémiou, môže ´spoločné dobro´ odporúčať očkovanie. Tí, ktorí odmietnu očkovanie z dôvodu výhrady vo svedomí preto, lebo na výrobu niektorých vakcín sa používajú bunkové línie z potratených plodov, sú povinní urobiť maximum pre ochranu tých, na ktorých by mohli preniesť infekciu".
Biskup z Areciba zdôraznil, že "svedomie a jeho sloboda sa nemôže pokladať iba za občianske právo, ale najmä za niečo, čo je vnútorne vlastné našej katolíckej viere. Pri dodržiavaní morálnej náuky Cirkvi by pastieri duší tvárou v tvár ťažkostiam nemali nanucovať veriacim iba jediné riešenie, ale mali by sa skôr riadiť postojom sv. Alfonza, ktorý hovoril, že treba každého nechať, aby konal podľa svojho najlepšieho svedomia". Národné katolícke centrum bioetiky (NCBC), ´think-tank´, ktorý poskytuje poradenstvo pri zachovávaní ľudskej dôstojnosti v zdravotníckej starostlivosti a medicínskom výskume, je proti povinnej imunizácii voči covid-19, pričom však pripúšťa, že zaočkovanie je morálne prípustné. "Pri plnení svojho poslania sa NCBC odvoláva na plný rozsah náuky Cirkvi, vrátane jej sociálneho rozmeru, ktorého náplňou je najmä úcta voči každému človeku pri budovaní spoločného dobra". Otázka výhrady vo svedomí voči vakcinácii proti covid-19 sa stáva zdrojom konfliktu medzi katolíckymi lídrami a inštitúciami, najmä v USA, kde čoraz viac narastá tlak voči nezaočkovaným."
Niektorí biskupi v Kalifornii a arcidiecéze New York dávajú pokyny kňazom, aby neposkytovali veriacim možnosť uplatniť si výnimku z náboženských dôvodov, zatiaľ čo biskupi v Colorado, Južnej Dakote a biskup Gallupu dodržiavajú práva na výhradu vo svedomí. NCBC tvrdí, že "Cirkev povzbudzuje ľudí aby sa dali zaočkovať, aj keď všetky dostupné vakcíny v USA majú vzdialené prepojenie s potratom formou použitia určitých bunkových línií." Dodáva, že biskupi USA urgujú zásobovanie vakcínami, ktoré nemajú prepojenie na potrat a tvrdia, že "keby sa FDA (asociácia pre liečivá a potraviny) sústredila viac na vakcíny, pri výrobe ktorých sa nepoužívajú bunkové línie z potratených plodov, pre mnohých by sa odstránila najzávažnejšia prekážka vakcinácie proti covid-19."